La palabra lis es un galicismo que significa lirio. La flor de lis es una representación de la flor de lirio. En la heráldica francesa es un mueble muy difundido. El diseño se remonta a una época muy antigua de la historia de esta ciencia. Se la puede nombrar como flor de lis o amacayo.

En el siglo XIV, ya aparece como emblema de la casa de Lancaster (dinastía real inglesa), que adopta la representación de 3 flores de lis y 3 leopardos pasantes, para su escudo. Catalina de Lancaster (nieta de Pedro I de Castilla) fue la patrocinadora del monasterio de Santa María la Real de Nieva en la provincia de Segovia, por eso puede verse allí su escudo con las 3 flores de lis.

En el siglo XVI, era símbolo de la dinastía Valois y emblema de la familia Farnesio que utiliza para su escudo 6 flores.

En el año 1084, el rey de Castilla y de León Alfonso VI conquistó Madrid. Por aquellos días se sabía que en la muralla de la ciudad se hallaba escondida una imagen de la Virgen. El rey mandó llamar al último superviviente que sabía algo sobre esta cuestión, una mujer llamada María. Por tradición familiar sabía cómo era la imagen pero desconocía el lugar exacto donde pudiera estar. La reina Constanza de Borgoña (tercera esposa de Alfonso VI) la mandó llamar para poder hacer con su descripción lo que hoy se llamaría un retrato robot. Una vez terminado, mandó que se añadiera una flor de lis. De esta manera la Virgen de la Flor de Lis fue la primera representación de la Virgen que hubo en el Madrid conquistado. Más tarde se llegó a encontrar la talla escondida en la muralla y es la imagen que hoy se conoce como la Almudena (de almudaina = muralla).

Flores de lis en la bandera de Quebec

Aunque suponga un gran salto en la historia del uso de este símbolo resulta preciso señalar que la flor de lis, rodeada de una cuerda que acaba en un nudo "rizo", fue adoptada por Robert Baden-Powell para el Movimiento Scout Mundial como símbolo propio.